怎么使用IRESfinder分析環(huán)狀RNA的蛋白編碼潛能

本篇文章為大家展示了怎么使用IRESfinder分析環(huán)狀RNA的蛋白編碼潛能，內(nèi)容簡明扼要并且容易理解，絕對能使你眼前一亮，通過這篇文章的詳細(xì)介紹希望你能有所收獲。

我們提供的服務(wù)有：網(wǎng)站設(shè)計(jì)制作、成都網(wǎng)站設(shè)計(jì)、微信公眾號(hào)開發(fā)、網(wǎng)站優(yōu)化、網(wǎng)站認(rèn)證、通化縣ssl等。為上千余家企事業(yè)單位解決了網(wǎng)站和推廣的問題。提供周到的售前咨詢和貼心的售后服務(wù)，是有科學(xué)管理、有技術(shù)的通化縣網(wǎng)站制作公司

真核生物mRNA的5’ 帽子結(jié)構(gòu)可以介導(dǎo)核糖體的結(jié)合，從而開啟翻譯過程，circRNA由于是一個(gè)閉合的環(huán)狀結(jié)構(gòu)，缺失了5’端帽子結(jié)構(gòu)，所以歸類為非編碼RNA的一種。

隨著環(huán)狀RNA研究的深入，有科學(xué)家發(fā)現(xiàn)部分環(huán)狀RNA可以編碼蛋白。除了常見的5’帽子結(jié)構(gòu)介導(dǎo)核糖體結(jié)合外，還存在了一種特殊情況，在一些基因上存在一段長度在150-250bp的序列，這些序列能夠折疊成類似tRNA的結(jié)構(gòu)，介導(dǎo)核糖體與RNA結(jié)合，起始蛋白質(zhì)的翻譯。這樣的位點(diǎn)稱之為內(nèi)部核糖體進(jìn)入位點(diǎn)序列,Internal ribosome entry site, 簡稱IRES。

能夠編碼蛋白的環(huán)狀RNA上就是通過IRES來實(shí)現(xiàn)翻譯過程的，為例研究環(huán)狀RNA的蛋白編碼潛能，有學(xué)者開發(fā)了識(shí)別IRES的軟件，IRESfinder就是這樣一款軟件，用于識(shí)別真核生物的IRES位點(diǎn)。

利用實(shí)驗(yàn)驗(yàn)證過的583個(gè)人類的IRES序列，挑選了19個(gè)kmer用于區(qū)分IRES和非IRES的序列，在論文中，給出了測試數(shù)據(jù)集中二種序列的kmer分布

在上圖中，只包含了18個(gè)kmer,另外還有一個(gè)kmer是T，可以看到在IRES和非IRES序列之間，這些kmer的頻率分布是有差異的。

軟件采用Python進(jìn)行開發(fā)，基本用法如下

python IRESfinder.py -f circRNA.fa -o IRES.out.xls

-f參數(shù)指定輸入的fasta格式的序列，-o參數(shù)指定輸出的結(jié)果文件。輸出文件的內(nèi)容示意如下

ID Index Score
hsa_circ_0018046 IRES 0.817344005
hsa_circ_0039868 IRES 0.795083668
hsa_circ_0089160 IRES 0.53322605
hsa_circ_0048972 IRES 0.784080068
hsa_circ_0018658 IRES 0.745230164
hsa_circ_0067857 IRES 0.704497116
hsa_circ_0019137 IRES 0.742607966
hsa_circ_0063162 IRES 0.738372532
hsa_circ_0087609 IRES 0.793042932
hsa_circ_0006254 IRES 0.64587644

通過這個(gè)軟件，可以快速分析得到RNA上的IRES序列信息，不過軟件的結(jié)果中假陽性肯定是很高的，后續(xù)還要通過實(shí)驗(yàn)手段來驗(yàn)證。

上述內(nèi)容就是怎么使用IRESfinder分析環(huán)狀RNA的蛋白編碼潛能，你們學(xué)到知識(shí)或技能了嗎？如果還想學(xué)到更多技能或者豐富自己的知識(shí)儲(chǔ)備，歡迎關(guān)注創(chuàng)新互聯(lián)行業(yè)資訊頻道。

本文題目：怎么使用IRESfinder分析環(huán)狀RNA的蛋白編碼潛能
鏈接URL：http://bm7419.com/article44/jdsiee.html

成都網(wǎng)站建設(shè)公司_創(chuàng)新互聯(lián)，為您提供網(wǎng)站內(nèi)鏈、域名注冊、網(wǎng)站收錄、Google、建站公司、軟件開發(fā)

廣告

聲明：本網(wǎng)站發(fā)布的內(nèi)容（圖片、視頻和文字）以用戶投稿、用戶轉(zhuǎn)載內(nèi)容為主，如果涉及侵權(quán)請盡快告知，我們將會(huì)在第一時(shí)間刪除。文章觀點(diǎn)不代表本網(wǎng)站立場，如需處理請聯(lián)系客服。電話：028-86922220；郵箱：631063699@qq.com。內(nèi)容未經(jīng)允許不得轉(zhuǎn)載，或轉(zhuǎn)載時(shí)需注明來源： 創(chuàng)新互聯(lián)