PathVisio工具有什么用

小編給大家分享一下PathVisio工具有什么用，相信大部分人都還不怎么了解，因此分享這篇文章給大家參考一下，希望大家閱讀完這篇文章后大有收獲，下面讓我們一起去了解一下吧！

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PathVisio 是一款免費(fèi)開(kāi)源的pathway 可視化工具，通過(guò)這個(gè)軟件我們不僅可以創(chuàng)建并編輯通路圖，甚至還可以進(jìn)行富集分析。

軟件的官網(wǎng)如下

https://www.pathvisio.org/

下載和安裝

這款軟件是java語(yǔ)言開(kāi)發(fā)i的GUI 圖形界面工具，官網(wǎng)提供了兩種下載方式：

選擇 Binary Installation 進(jìn)行下載，由于該軟件用java 程序開(kāi)發(fā)，必須保證在電腦上安裝了java 運(yùn)行環(huán)境 （JRE）， 下載之后解壓縮，然后雙擊 pathvisio.bat 文件 就可以啟動(dòng)該軟件。

初始界面如下：

編輯通路圖

我們從wikipathway 下載的gpml 通路文件，可以直接導(dǎo)入這個(gè)軟件中。以 WP554 這個(gè)通路為例

https://www.wikipathways.org/index.php/Pathway:WP554

從上面的鏈接下載該通路的gpml 文件，然后依次點(diǎn)擊 File -> Import , 導(dǎo)入該文件，導(dǎo)入成功后，就可以看到通路圖了。圖中的每個(gè)元素，都是可以編輯的。

對(duì)于元素之間的連線，鼠標(biāo)單擊可以拖動(dòng)；對(duì)于方框中的元素，單擊選中之后，可以改變其大小，并移動(dòng)其位置，雙擊會(huì)彈出編輯框，編輯節(jié)點(diǎn)上標(biāo)注的label 信息。

不僅可以編輯原有的元素，還可以通過(guò)如下所示的工具欄中的選項(xiàng)，插入新的元素，具體的用法就不展開(kāi)了。

對(duì)于編輯好的通路圖，可以選擇 File -> Export 進(jìn)行導(dǎo)出，可以導(dǎo)出為圖片，支持PDF， PNG，SVG， TIFF 4 種格式，也可以另存為gpml 等文件格式。

檢索基因相關(guān)的通路信息

在右側(cè)的面板上，有個(gè)Search 功能，可以查詢基因?qū)?yīng)的通路信息

首先需要一個(gè)用于檢索的數(shù)據(jù)庫(kù)，就是一個(gè)文件夾，這個(gè)文件夾下是所有pathway的gpml文件，可以從wikipathway 的官網(wǎng)得到。然后輸入需要檢索的基因名稱，提供了Symbol 和 ID 兩種格式。通過(guò) Search 功能，可以方便的查詢基因相關(guān)的通路信息。

這個(gè)軟件還可以安裝插件，使其功能更加強(qiáng)大。

以上是“PathVisio工具有什么用”這篇文章的所有內(nèi)容，感謝各位的閱讀！相信大家都有了一定的了解，希望分享的內(nèi)容對(duì)大家有所幫助，如果還想學(xué)習(xí)更多知識(shí)，歡迎關(guān)注創(chuàng)新互聯(lián)行業(yè)資訊頻道！

文章名稱：PathVisio工具有什么用
網(wǎng)站路徑：http://bm7419.com/article10/isgedo.html

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