circR2Disease數(shù)據(jù)庫有什么用

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從名稱可以看出,circR2Disease是一個疾病相關的環(huán)狀RNA數(shù)據(jù)庫,網(wǎng)址如下

http://bioinfo.snnu.edu.cn/CircR2Disease/

該數(shù)據(jù)庫中包含以下3個物種的相關信息

  1. human

  2. mouse

  3. rat

最新版收錄了661個環(huán)狀RNA,100種疾病,739個環(huán)狀RNA和疾病之間的關聯(lián)數(shù)據(jù)。
通過導航欄的Browser菜單,可以根據(jù)以下兩種類型查看相關數(shù)據(jù)

  1. circRNAs

  2. Diseases

以肺癌為例,結果如下所示

circR2Disease數(shù)據(jù)庫有什么用

該數(shù)據(jù)庫中的記錄都是從文獻中整理得到的,如果環(huán)狀RNA來自circBase數(shù)據(jù)庫,會給出對應的超鏈接,否則只會給出文獻中的命名。

和同類型的數(shù)據(jù)庫一樣,都會給出疾病的名稱,檢測的方式,環(huán)狀RNA在患病者中的表達趨勢,相關文獻的pubmed id等信息。

通過這種類型的數(shù)據(jù)庫,我們不僅可以檢索環(huán)狀RNA和疾病之間的關系,還可以構建環(huán)狀RNA和疾病之間的互作網(wǎng)絡,示意如下

circR2Disease數(shù)據(jù)庫有什么用

上圖中矩形代表疾病名稱,圓形代表環(huán)狀RNA,通過不斷豐富環(huán)狀RNA和疾病之間的網(wǎng)絡,可以對環(huán)狀RNA在疾病中的作用有一個更加清楚,深入的理解。

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本文標題:circR2Disease數(shù)據(jù)庫有什么用
當前路徑:http://bm7419.com/article18/gochdp.html

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