這期內(nèi)容當(dāng)中小編將會(huì)給大家?guī)?lái)有關(guān)如何理解基因組組裝軟件spades,文章內(nèi)容豐富且以專業(yè)的角度為大家分析和敘述,閱讀完這篇文章希望大家可以有所收獲。
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spades這款de novo基因組組裝軟件, 適用于細(xì)菌/真菌等小型基因組的組裝,不推薦用于動(dòng)植物基因組的組裝。該軟件主要用于illumina,IonTorrent reads的組裝,也可以進(jìn)行PacBio, Oxford nanopore, Sanger reads的組裝。
官網(wǎng)如下
http://cab.spbu.ru/software/spades/
spades是一套軟件,類似office辦公軟件系列,包含了以下5個(gè)可執(zhí)行文件
metaSPAdes
plasmidSPAdes
rnaSPAdes
truSPAdes
disSPAdes
metaSPAdes用于宏基因組數(shù)據(jù)的組裝,plasmidSPAdes用于組裝葉綠體/線粒體基因組,rnaSPAdes用于RNA-seq數(shù)據(jù)的組裝,truSPAdes用于treseq barcode序列的組裝,disSPAdes用于組裝高雜合度的二倍體基因組。
軟件的安裝過(guò)程如下
wget http://cab.spbu.ru/files/release3.12.0/SPAdes-3.12.0-Linux.tar.gz tar xzvf SPAdes-3.12.0-Linux.tar.gz cd SPAdes-3.12.0-Linux
直接從官網(wǎng)下載二進(jìn)制包,解壓縮就可以了。在bin目錄下,有很多的可執(zhí)行文件
./ ├── dipspades.py ├── metaspades.py -> spades.py ├── plasmidspades.py -> spades.py ├── rnaspades.py -> spades.py ├── spades-bwa ├── spades-core ├── spades-corrector-core ├── spades-dipspades-core ├── spades-gbuilder ├── spades-gmapper ├── spades-hammer ├── spades_init.py ├── spades_init.pyc ├── spades-ionhammer ├── spades-kmercount ├── spades.py ├── spades-truseq-scfcorrection └── truspades.py
其中spades.py 就是主要的提交腳本,該軟件支持多種測(cè)序類型
單端數(shù)據(jù)
用--s1
參數(shù)指定單獨(dú)測(cè)序的序列文件,如果有多個(gè)文庫(kù),用數(shù)字后綴加以區(qū)分,比如--s1
,--s2
雙端數(shù)據(jù)
用--pe1-1
和--pe1-2
分別指定雙端測(cè)序的R1端和R2端序列文件,多個(gè)文庫(kù)用數(shù)字后綴區(qū)分,比如--pe2-1
, --pe2-2
基本用法如下:
spades.py -k 21,33,55,77,99,127 --careful --pe1-1 R1.fastq --pe-2 R2.fastq -o spades_output
輸出結(jié)果目錄會(huì)生成許多文件,其中scaffolds.fasta
對(duì)應(yīng)scaffold的結(jié)果,contig.fasta
對(duì)應(yīng)contig組裝的結(jié)果。
上述就是小編為大家分享的如何理解基因組組裝軟件spades了,如果剛好有類似的疑惑,不妨參照上述分析進(jìn)行理解。如果想知道更多相關(guān)知識(shí),歡迎關(guān)注創(chuàng)新互聯(lián)行業(yè)資訊頻道。
新聞名稱:如何理解基因組組裝軟件spades
新聞來(lái)源:http://bm7419.com/article2/pscdic.html
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