circos中connector有什么用

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connector 用于展示基因組上兩個位置之間的關(guān)系,通過一套折線將兩個位置連接起來,示例如下

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靠近染色體的折線區(qū)域就是connector了。可以看到,connector也是通過一個圓環(huán)區(qū)域進(jìn)行展示,連線的起始位置位于圓環(huán)的內(nèi)徑上,終止位置位于圓環(huán)的外徑上。

配置文件的寫法如下

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首先看下file中定義的數(shù)據(jù)內(nèi)容

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file中,,每一行定義了一條連線,第一列是染色體名稱,第二列和第三列分別代表連線的起始位置和終止位置,起始點位于r0上,終止點位于r1上,示意圖如下

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connector的屬性比較少,r0r1定義圓環(huán)的內(nèi)徑和外徑, 決定connector在圖上的位置; thickness定義連線的粗細(xì),color定義連線的顏色。

連線的形狀由connetor_dim屬性控制,這個數(shù)值的值是由5個數(shù)值構(gòu)成的list, 用法如下

connector_dims = 0.05,0.15,0.6,0.1,0.1

這5個數(shù)值將r0r1之間的距離劃分成5個區(qū)域,數(shù)值代表的是每個區(qū)域的比例,所以5個數(shù)值的和一定為1,示意圖如下:··

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connector的用法相對簡單,在實際使用中的頻率并不高。

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新聞標(biāo)題:circos中connector有什么用
本文來源:http://bm7419.com/article20/psceco.html

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