查看GOplot內(nèi)示例數(shù)據(jù)的格式,對(duì)自己的數(shù)據(jù)做處理
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觀察結(jié)論:
觀察自己的兩個(gè)數(shù)據(jù)表:
table.legend 設(shè)置為T(mén)時(shí)會(huì)顯示表格
本圖中表格和圖例是出圖后剪切拼合而成,沒(méi)有用R中的拼圖包
前面我給大家詳細(xì)介紹過(guò)
?GO簡(jiǎn)介及GO富集結(jié)果解讀
?四種GO富集柱形圖、氣泡圖解讀
?GO富集分析四種風(fēng)格展示結(jié)果—柱形圖,氣泡圖
?KEGG富集分析—柱形圖,氣泡圖,通路圖
? DAVID GO和KEGG富集分析及結(jié)果可視化
也用視頻給大家介紹過(guò)
? GO和KEGG富集分析視頻講解
最近有粉絲反映說(shuō),利用clusterProfiler這個(gè)包繪制GO富集分析氣泡圖和柱形圖的時(shí)候,發(fā)現(xiàn)GO條目的名字都重疊在一起了。
氣泡圖
柱形圖
這個(gè)圖別說(shuō)美觀了,簡(jiǎn)直不忍直視。經(jīng)過(guò)我的認(rèn)真研究,發(fā)現(xiàn)跟R版本有關(guān)。前面我給大家展示的基本都是R 3.6.3做出來(lái)的圖。很多粉絲可能用的都是最新版本的R 4.1.2。
我們知道R的版本在不停的更新,相應(yīng)的R包也在不停的更新。我把繪制氣泡圖和柱形圖相關(guān)的函數(shù)拿出來(lái)認(rèn)真的研究了一下,終于發(fā)現(xiàn)的癥結(jié)所在。
dotplot這個(gè)函數(shù),多了個(gè) label_format 參數(shù)
我們來(lái)看看這個(gè)參數(shù)究竟是干什么用的,看看參數(shù)說(shuō)明
label_format :
a numeric value sets wrap length, alternatively a custom function to format axis labels. by default wraps names longer that 30 characters
原來(lái)這個(gè)參數(shù)默認(rèn)值是30,當(dāng)標(biāo)簽的長(zhǎng)度大于30個(gè)字符就會(huì)被折疊,用多行來(lái)展示。既然問(wèn)題找到了,我們就來(lái)調(diào)節(jié)一下這個(gè)參數(shù),把他設(shè)置成100,讓我們的標(biāo)簽可以一行展示。
是不是還是原來(lái)的配方,還是熟悉的味道
同樣的柱形圖,我們也能讓他恢復(fù)原來(lái)的容貌。
關(guān)于如何使用R做GO和KEGG富集分析,可參考下文
GO和KEGG富集分析視頻講解
之前分享了如何用ggplot2可視化GO分析的結(jié)果。既然做了GO,當(dāng)然少不了KEGG了。
同樣的,我們從 DAVID 獲取KEGG pathway的結(jié)果。
對(duì)于KEGG,我比較喜歡做氣泡圖,這樣用兩種形式的圖結(jié)合在一起,效果更豐富更好看一點(diǎn)。
ID轉(zhuǎn)換用到的是 bitr() 函數(shù),bitr()的使用方法:
org.Hs.eg.db包含有多種gene_name的類型
keytypes() :keytypes(x),查看注釋包中可以使用的類型
columns() :類似于keytypes(),針對(duì)org.Hs.eg.db兩個(gè)函數(shù)返回值一致
select() :select(x, keys, columns, keytype, ...) eg.
函數(shù)enrichGO()進(jìn)行GO富集分析,enrichGO()的使用方法:
舉例:
本文名稱:r語(yǔ)言進(jìn)行g(shù)o圖分析 r語(yǔ)言數(shù)據(jù)分析可視化
文章源于:http://bm7419.com/article24/ddephje.html
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