r和go語言環(huán)境 r語言中進行g(shù)o和kegg分析

ubuntu下怎么配置go語言開發(fā)環(huán)境

第三方工具安裝：目前有很多方便的第三方軟件包工具，例如Ubuntu的apt-get、Mac的homebrew等。這種安裝方式適合那些熟悉相應(yīng)系統(tǒng)的用戶。

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gcc 只是個編譯器，不是編輯器，不能編輯程序 ubuntu下可以用vim或者gedit編輯程序，再用gcc編譯。

export PATH=$PATH：/usr/local/go/bin安裝到自定義位置Go二進制文件默認(rèn)安裝到/usr/local/go，但是可以安裝Go工具到不同的位置，可以自行定義，只需要設(shè)置正確的環(huán)境變量。

python和其他指令碼語言如java、R、Perl 一樣，都可以直接在命令列里執(zhí)行指令碼程式。

接著出現(xiàn)下面的安裝界面，選擇一個磁盤，然后將語言選擇為“Chinese（Simplified）簡體中文”，Installation size為Ubuntu環(huán)境的總共磁盤大小，然后是登錄用戶名和密碼，設(shè)置好了以后就點安裝繼續(xù)。

【R語言】解決GO富集分析繪圖,標(biāo)簽重疊問題

最近有粉絲反映說，利用clusterProfiler這個包繪制GO富集分析氣泡圖和柱形圖的時候，發(fā)現(xiàn)GO條目的名字都重疊在一起了。氣泡圖 柱形圖 這個圖別說美觀了，簡直不忍直視。經(jīng)過我的認(rèn)真研究，發(fā)現(xiàn)跟R版本有關(guān)。

但是該方法存在一個很大的問題，那就是當(dāng)x軸標(biāo)簽數(shù)量很多時，那么就無法通過這樣的方法進行解決了。方法二是方法一的逆向思路，既然可以調(diào)大畫布，那么反過來，我們也可以調(diào)小x軸標(biāo)簽字體。

單細(xì)胞富集分析我最常用的是 分組GSVA ，但最近用到了GO分析，就復(fù)習(xí)一下GO和KEGG富集分析及繪圖。載入無比熟悉的pbmc.3k數(shù)據(jù)集 (已注釋好，數(shù)據(jù)準(zhǔn)備見 monocle )pbmc3k數(shù)據(jù)集只有1個樣本，沒辦法區(qū)分HC和病例組。

最近小Q在做自然選擇分析，分析完之后簡單粗暴的對候選基因做了富集分析，并做了展示，比起氣泡圖，我模仿了另一種作圖方式，顯示效果更佳。所以想在此分享一下如何用R語言畫富集分析示意圖（非氣泡圖）。

在是否需要構(gòu)建的問題上，我看到徐洲更在 功能注釋后如何做富集分析 中提到 “你不需要構(gòu)建Orgdb，因為Orgdb的用途是進行基因編號和GO/KEGG的轉(zhuǎn)換。

GO富集的根本問題在于一個基因?qū)?yīng)的GO term有多個，一個term對應(yīng)多個gene，同時還有層級關(guān)系。這樣導(dǎo)致如果一個term顯著富集，那和它共享很多基因的term也會顯著富集。

開發(fā)一個網(wǎng)站,后端用go語言,前端用PHP、Ruby還是python比較好?_百度...

1、它們通常都是被當(dāng)成第二語言，做一些輔助開發(fā)的工作。其中Python只在極少數(shù)情況下，才被用來作為主要開發(fā)語言。至于Go與Ruby，我目前還沒聽說過它們有被當(dāng)作主要開發(fā)語言的例子。我所推薦的是從C#和JAVA兩者之間，二選一。。

2、go語言好。Go的語法接近C語言，但對于變量的聲明有所不同。Go支持垃圾回收功能。Go的并行模型是以東尼·霍爾的通信順序進程為基礎(chǔ)，采取類似模型的其他語言包括Occam和Limbo，但它也具有Pi運算的特征，比如通道傳輸。

3、從功能的角度來看，目前大多數(shù)情況下go語言比python更好。Python是一種基于面向?qū)ο缶幊痰亩喾妒剑钍胶秃瘮?shù)式編程語言。Go語言是一種基于并發(fā)編程范式的過程編程語言，它與C語言具有表面的相似性。

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