go富集分析柱狀圖r語(yǔ)言 go富集分析柱狀圖怎么做

r語(yǔ)言怎么查看富集分析的數(shù)據(jù)

1、方法/步驟 錄入原始數(shù)據(jù)。如圖所示，原始數(shù)據(jù)一般采用excel表格來(lái)錄入，第一列為決策單元序列，比如公司、行業(yè)等；后續(xù)各列依次是產(chǎn)出和投入變量，切忌產(chǎn)出變量一定要在投入變量前面。分析效率情況。

“只有客戶(hù)發(fā)展了，才有我們的生存與發(fā)展！”這是成都創(chuàng)新互聯(lián)的服務(wù)宗旨！把網(wǎng)站當(dāng)作互聯(lián)網(wǎng)產(chǎn)品，產(chǎn)品思維更注重全局思維、需求分析和迭代思維，在網(wǎng)站建設(shè)中就是為了建設(shè)一個(gè)不僅審美在線(xiàn)，而且實(shí)用性極高的網(wǎng)站。創(chuàng)新互聯(lián)對(duì)網(wǎng)站設(shè)計(jì)、網(wǎng)站制作、網(wǎng)站制作、網(wǎng)站開(kāi)發(fā)、網(wǎng)頁(yè)設(shè)計(jì)、網(wǎng)站優(yōu)化、網(wǎng)絡(luò)推廣、探索永無(wú)止境。

2、r語(yǔ)言數(shù)據(jù)分析是查看數(shù)據(jù)的結(jié)構(gòu)、類(lèi)型，數(shù)據(jù)處理。

3、我模仿了另一種作圖方式，顯示效果更佳。所以想在此分享一下如何用R語(yǔ)言畫(huà)富集分析示意圖（非氣泡圖）。利用ggplot2+grid包進(jìn)行畫(huà)圖，采用分面的思想作圖。

4、然后進(jìn)行富集分析 需要注意的點(diǎn)：expr輸入的表達(dá)矩陣必須為：SummarizedExperiment或者SingleCellExperiment ExpressionSet 或者別的什么對(duì)象。如果是dataframe的話(huà)需要轉(zhuǎn)換為matrix。

5、R語(yǔ)言是一種很好的數(shù)據(jù)分析工具，可以用來(lái)分析祈福彩票數(shù)據(jù)的實(shí)際值與理論值。

【R語(yǔ)言】解決GO富集分析繪圖,標(biāo)簽重疊問(wèn)題

最近有粉絲反映說(shuō)，利用clusterProfiler這個(gè)包繪制GO富集分析氣泡圖和柱形圖的時(shí)候，發(fā)現(xiàn)GO條目的名字都重疊在一起了。氣泡圖 柱形圖 這個(gè)圖別說(shuō)美觀了，簡(jiǎn)直不忍直視。經(jīng)過(guò)我的認(rèn)真研究，發(fā)現(xiàn)跟R版本有關(guān)。

但是該方法存在一個(gè)很大的問(wèn)題，那就是當(dāng)x軸標(biāo)簽數(shù)量很多時(shí)，那么就無(wú)法通過(guò)這樣的方法進(jìn)行解決了。方法二是方法一的逆向思路，既然可以調(diào)大畫(huà)布，那么反過(guò)來(lái)，我們也可以調(diào)小x軸標(biāo)簽字體。

最近小Q在做自然選擇分析，分析完之后簡(jiǎn)單粗暴的對(duì)候選基因做了富集分析，并做了展示，比起氣泡圖，我模仿了另一種作圖方式，顯示效果更佳。所以想在此分享一下如何用R語(yǔ)言畫(huà)富集分析示意圖（非氣泡圖）。

在是否需要構(gòu)建的問(wèn)題上，我看到徐洲更在 功能注釋后如何做富集分析 中提到 “你不需要構(gòu)建Orgdb，因?yàn)镺rgdb的用途是進(jìn)行基因編號(hào)和GO/KEGG的轉(zhuǎn)換。

GO富集分析簡(jiǎn)單介紹

step 1：計(jì)算富集得分（Enrichment Score）。按順序從頭到尾逐個(gè)比較L中的基因與S中的基因，加和統(tǒng)計(jì)量，如果兩者相同就增加KS統(tǒng)計(jì)量，反之就減少KS統(tǒng)計(jì)量。增加的多少與這個(gè)基因和表型的相關(guān)性有關(guān)。

GO富集分析原理簡(jiǎn)介和DAVID的GO富集分析方法操作演示 尋找差異表達(dá)的基因并挖掘它們可能的功能，是我們進(jìn)行RNA測(cè)序的最主要目的。

分析，可以找到富集差異基因的GO分類(lèi)條目，尋找不同 樣品的差異基因可能和哪些基因功能的改變有關(guān)。

clusterProfiler是一個(gè)功能強(qiáng)大的R包，同時(shí)支持GO和KEGG的富集分析，而且可視化功能非常的優(yōu)秀，本章主要介紹利用這個(gè)R包來(lái)進(jìn)行Gene Ontology的富集分析。

網(wǎng)站題目：go富集分析柱狀圖r語(yǔ)言 go富集分析柱狀圖怎么做
URL標(biāo)題：http://bm7419.com/article24/dsjjcje.html

成都網(wǎng)站建設(shè)公司_創(chuàng)新互聯(lián)，為您提供服務(wù)器托管、Google、App設(shè)計(jì)、網(wǎng)站設(shè)計(jì)、外貿(mào)建站、企業(yè)網(wǎng)站制作

廣告

聲明：本網(wǎng)站發(fā)布的內(nèi)容（圖片、視頻和文字）以用戶(hù)投稿、用戶(hù)轉(zhuǎn)載內(nèi)容為主，如果涉及侵權(quán)請(qǐng)盡快告知，我們將會(huì)在第一時(shí)間刪除。文章觀點(diǎn)不代表本網(wǎng)站立場(chǎng)，如需處理請(qǐng)聯(lián)系客服。電話(huà)：028-86922220；郵箱：631063699@qq.com。內(nèi)容未經(jīng)允許不得轉(zhuǎn)載，或轉(zhuǎn)載時(shí)需注明來(lái)源： 創(chuàng)新互聯(lián)