本篇內(nèi)容主要講解“circos colors怎么使用”,感興趣的朋友不妨來(lái)看看。本文介紹的方法操作簡(jiǎn)單快捷,實(shí)用性強(qiáng)。下面就讓小編來(lái)帶大家學(xué)習(xí)“circos colors怎么使用”吧!
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顏色屬性是circos
中使用頻率最高的屬性,由colors
這個(gè)block進(jìn)行設(shè)置,默認(rèn)的配置文件為etc/circos.conf
。
在circos
中,每種顏色都有一個(gè)唯一的name
,通過(guò)這個(gè)name
來(lái)調(diào)用該顏色值。配置文件中定義的就是各種顏色的值,在定義顏色值時(shí),有以下3種方式
rgb
hsv
lch
上述三種方式對(duì)應(yīng)三套不同的顏色體系,rgb
對(duì)應(yīng)RGB色彩模式,通過(guò)R(red), G(green), B(blue) 三原色的疊加來(lái)得到各種顏色,每個(gè)原色的取值范圍為0-255;hsv
對(duì)應(yīng)HSV顏色模型,H代表色調(diào),S代表飽和度,V代表明度;lch
對(duì)應(yīng)LCH顏色空間,L代表亮度,C代表彩度,H代表色相,其中RGB模型運(yùn)用最廣泛,只要掌握這個(gè)模型即可。
顏色定義的寫法如下
red = 255,0,0
red = rgb(255,0,0)
red = hsv(0,1,1)
red = lch(54,105,40)
默認(rèn)使用rgb
顏色體系,當(dāng)然也可以通過(guò)函數(shù)指定對(duì)應(yīng)的顏色體系。
對(duì)于常見的顏色,比如red
, blue
, green
, 事先定義了一些列的顏色梯度,以red
為例,對(duì)應(yīng)的顏色梯度為
vvlred
vlred
lred
red
dred
vdred
vvdred
v
代表very
, l
代表light
, d
代表dark, vvlred
就是very very light red
, vvdred
代表very very drak red
, 整個(gè)顏色梯度從非常淺的紅色過(guò)度到非常深的紅色。我們只需要記住幾種基礎(chǔ)顏色的name
, 通過(guò)v,l,d
前綴就可以得到層次鮮明的多種顏色了。
在etc/colors.conf
中,還引入了以下3個(gè)顏色配置文件
colors.brewer.conf
colors.ucsc.conf
colors.hsv.conf
colos.brewer.conf
中定義了一系列的color list
, 格式如下
palette-numcolors-type-idx
palette
代表顏色梯度的名字;numcolors
代表該顏色梯度包含的顏色的數(shù)目;type
代表顏色梯度的類型,seq
在底色的基礎(chǔ)漸變而成,div
則顏色區(qū)分較明顯,qual
的各種顏色之間區(qū)分程度組大,idx
表示下標(biāo), 示意圖如下
示例如下
blues-5-seq = blues-5-seq-(\d+)
blues-5-seq-rev = rev(blues-5-seq-(\d+))
blues-5-seq-1 = 239,243,255
blues-5-seq-2 = 189,215,231
blues-5-seq-3 = 107,174,214
blues-5-seq-4 = 49,130,189
blues-5-seq-5 = 8,81,156
blues
就是這個(gè)顏色梯度的名字,5
表示有這個(gè)顏色梯度有5種顏色, seq
代表顏色類型,可以看到都是基于藍(lán)色的漸變,所以是seq
類型,1-5
定義了5種具體的顏色。
調(diào)用是指定color list
的名字就行,一個(gè)color list
會(huì)有正向和反向兩種顏色梯度,比如blue-5-seq
和blue-5-seq-rev
, rev
代表反向的意思,在使用時(shí),根據(jù)自己的情況選擇是否反向即可
colors.ucsc.conf
定義了ideogram
和cytoband
的顏色
# Default UCSC color scheme for chromosome colors.
chr1 = 153,102,0
chr2 = 102,102,0
chr3 = 153,153,30
chr4 = 204,0,0
chr5 = 255,0,0
chr6 = 255,0,204
chr7 = 255,204,204
chr8 = 255,153,0
chr9 = 255,204,0
chr10 = 255,255,0
# Karyotype band colors for ideograms
gpos100 = 0,0,0
gpos = 0,0,0
gpos75 = 130,130,130
gpos66 = 160,160,160
gpos50 = 200,200,200
gpos33 = 210,210,210
gpos25 = 200,200,200
gvar = 220,220,220
gneg = 255,255,255
acen = 217,47,39
stalk = 100,127,164
color.hsv.conf
使用HSV
顏色體系,定義了多種顏色,示例如下
hue000 = hsv(0,1,1)
hue001 = hsv(1,1,1)
hue002 = hsv(2,1,1)
hue003 = hsv(3,1,1)
hue004 = hsv(4,1,1)
hue005 = hsv(5,1,1)
hue006 = hsv(6,1,1)
hue007 = hsv(7,1,1)
hue008 = hsv(8,1,1)
hue009 = hsv(9,1,1)
hue010 = hsv(10,1,1)
通過(guò)上述幾個(gè)配置文件,我們已經(jīng)可以得到了大部分的顏色名稱了。在etc
目錄下,還有一個(gè)colors.unix.txt
文件。這個(gè)文件保存了常用的顏色的定義,示例如下
alice_blue = 240,248,255
aliceblue = 240,248,255
antique_white = 250,235,215
antiquewhite = 250,235,215
antiquewhite1 = 255,239,219
antiquewhite2 = 238,223,204
以上4個(gè)文件涵蓋了circos
中所有顏色相關(guān)的配置,了解這幾個(gè)文件之后,再也不用擔(dān)心顏色屬性賦值的問題了。
到此,相信大家對(duì)“circos colors怎么使用”有了更深的了解,不妨來(lái)實(shí)際操作一番吧!這里是創(chuàng)新互聯(lián)網(wǎng)站,更多相關(guān)內(nèi)容可以進(jìn)入相關(guān)頻道進(jìn)行查詢,關(guān)注我們,繼續(xù)學(xué)習(xí)!
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