怎么用R語言ggplot2畫氣泡圖來展示基因表達(dá)量

怎么用R語言ggplot2畫氣泡圖來展示基因表達(dá)量，相信很多沒有經(jīng)驗(yàn)的人對此束手無策，為此本文總結(jié)了問題出現(xiàn)的原因和解決方法，通過這篇文章希望你能解決這個(gè)問題。

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今天重復(fù)的內(nèi)容是論文中的figure2f

 

今天的推文主要介紹其中的氣泡圖，明天的推文介紹如何向氣泡圖上疊加樹形圖

按照論文提供的代碼得到了畫圖用到的數(shù)據(jù)，部分?jǐn)?shù)據(jù)如下

 

但是用他提供的畫圖代碼沒有能夠畫出圖來。因?yàn)樗玫搅艘粋€(gè)dot_plot()函數(shù)，沒有找到這個(gè)函數(shù)是怎么來的。既然已經(jīng)拿到了數(shù)據(jù)，就用ggplot2自己來畫吧

 讀入數(shù)據(jù)

data.final<-read.csv("NM/figure2f.csv",header=T)
head(data.final)

 

 

 基本的散點(diǎn)圖

ggplot(data.final,aes(x=features.plot,y=id))+
  geom_point()

 

 

 用Average expression映射顏色，用Percent expressed映射點(diǎn)的大小

ggplot(data.final,aes(x=features.plot,y=id))+
  geom_point(aes(size=`Percent expressed`,
                 color=`Average expression`))

 

 

 接下來是設(shè)置主題的一些內(nèi)容

包括

• 去掉灰色背景
• 調(diào)整坐標(biāo)軸字體方向
• 去掉坐標(biāo)軸標(biāo)題
• 更改配色

ggplot(data.final,aes(x=features.plot,y=id))+
  geom_point(aes(size=`Percent expressed`,
                 color=`Average expression`))+
  theme_bw()+
  theme(panel.grid = element_blank(),
        axis.text.x=element_text(angle=90,hjust = 1,vjust=0.5))+
  scale_color_gradient(low="lightgrey",high="blue")+
  labs(x=NULL,y=NULL)

 

看完上述內(nèi)容，你們掌握怎么用R語言ggplot2畫氣泡圖來展示基因表達(dá)量的方法了嗎？如果還想學(xué)到更多技能或想了解更多相關(guān)內(nèi)容，歡迎關(guān)注創(chuàng)新互聯(lián)行業(yè)資訊頻道，感謝各位的閱讀！

網(wǎng)頁名稱：怎么用R語言ggplot2畫氣泡圖來展示基因表達(dá)量
網(wǎng)站路徑：http://bm7419.com/article32/gosjsc.html

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