怎樣使用HLAscan進(jìn)行HLA分型

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HLAScan是由韓國(guó)的科研團(tuán)隊(duì)開發(fā)的一款HLA分型工具，可以處理WGS, WES和目標(biāo)區(qū)域捕獲測(cè)序的數(shù)據(jù)，將reads與IMGT/HLA數(shù)據(jù)庫中的reads進(jìn)行比對(duì)，然后確定HLA的基因型信息。

軟件的開發(fā)團(tuán)隊(duì)利用測(cè)試數(shù)據(jù)，評(píng)估了以下幾個(gè)軟件的分型效果

可以看到HLAscan能夠提供可靠的2位和4位分型的結(jié)果。官網(wǎng)鏈接如下

http://www.genomekorea.com/display/tools/HLAscan

最新版本為hlascan_v2, 安裝過程如下

unzip hla_scan_r_v2.1.2.zip
unzip data-set.zip

除了軟件的安裝包，官方還提供了測(cè)試數(shù)據(jù)集，直接下載解壓就可以使用了，基本用法如下

hla_scan_r_v2.1.2 -b NA12155.chr6.bam -d HLA-ALL.IMGT -v 38

-b參數(shù)指定輸入的bam文件，-d指定數(shù)據(jù)庫的名字，數(shù)據(jù)庫是軟件自帶的，-v指定基因組版本hg38。

軟件默認(rèn)對(duì)HLA-A基因進(jìn)行分型，除了該基因外，還支持以下基因的分型

1. HLA-A

2. HLA-B

3. HLA-C

4. HLA-E

5. HLA-F

6. HLA-G

7. MICA

8. MICB

9. HLA-DMA

10. HLA-DMB

11. HLA-DOA

12. HLA-DOB

13. HLA-DPA1

14. HLA-DPB1

15. HLA-DQA1

16. HLA-DQB1

17. HLA-DRA

18. HLA-DRB1

19. HLA-DRB5

20. TAP1

21. TAP2

軟件也支持直接提供fastq格式的輸入序列，具體用法可以參考官網(wǎng)的說明。
運(yùn)行過程中會(huì)顯示如下的log信息

=====================================================
HLAscan v2.1
Report created
2018. 7. 23.    11:25:32
========================================================
HLA gene : HLA-A
# of considered types : 3182
----------- HLA-Types -----------
[Type 1]    01:11N    EX3_3.29348_45    EX2_3.75926_100    EX4_24.0471_100    EX5_35.1966_100    
[Type 2]    01:11N    EX3_3.29348_45    EX2_3.75926_100    EX4_24.0471_100    EX5_35.1966_100

可以看到，對(duì)于HLA-A基因，基因分型的結(jié)果為HLA-A*01:11N。

關(guān)于怎樣使用HLAscan進(jìn)行HLA分型就分享到這里了，希望以上內(nèi)容可以對(duì)大家有一定的幫助，可以學(xué)到更多知識(shí)。如果覺得文章不錯(cuò)，可以把它分享出去讓更多的人看到。

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