miRanda和mirSVR工具有什么用

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預(yù)測miRNA結(jié)合位點(diǎn)的工具很多，以TargetScan為代表的工具，利用結(jié)合位點(diǎn)的保守性進(jìn)行預(yù)測，對于大部分保守的結(jié)合位點(diǎn)而言其準(zhǔn)確性較好，然而還是有部分miRNA結(jié)合位點(diǎn)是非常規(guī)的，在物種間并不保守，對于這部分位點(diǎn)的預(yù)測，就需要在算法上進(jìn)行改進(jìn)。

miRanda軟件通過以下兩個因素來判斷miRNA結(jié)合位點(diǎn)

1. miRNA和mRNA間的序列互補(bǔ)匹配程度

2. 形成的復(fù)合結(jié)構(gòu)的自由能

示意圖如下

直接根據(jù)序列匹配的打分值和對應(yīng)的自由能來評估結(jié)合位點(diǎn)的可能性，由于不依賴結(jié)合位點(diǎn)的保守性，能夠更加廣泛的評估m(xù)iRNA結(jié)合位點(diǎn)。

mirSVR是一套打分機(jī)制，通過一個回歸模型對miRanda預(yù)測出來的結(jié)合位點(diǎn)進(jìn)行打分，分值越低該結(jié)合位點(diǎn)越可靠。

開發(fā)者通過miRanda和mirSVR, 預(yù)測了人，小鼠等5個常見物種的miRNA集合位點(diǎn)信息，并將結(jié)果整理成了數(shù)據(jù)庫，網(wǎng)址如下

http://www.microrna.org/microrna/home.do

該數(shù)據(jù)庫中包含的物種和miRNA數(shù)量匯總?cè)缦?/p>

支持根據(jù)miRNA或者mRNA對數(shù)據(jù)庫進(jìn)行檢索，檢索結(jié)果示意如下

可以看到，軟件預(yù)測的結(jié)果是非常多的，一個miRNA有幾千個候選的靶基因。點(diǎn)擊view targets可以看到對應(yīng)的靶基因列表和mirSVR值。

該數(shù)據(jù)庫是免費(fèi)下載的，同時還提供了miRanda軟件的下載，但是對于mirSVR打分系統(tǒng)的源代碼，目前還沒有提供。

miRanda軟件的基本用法如下

miranda miRNA.fa genome.fa  \
-sc  150  \
-en  -7 \
-out target.txt

第一個參數(shù)為miRNA的序列，第二個參數(shù)為基因組序列，比如轉(zhuǎn)錄本對應(yīng)的3’UTR序列，-sc指定序列比對打分的閾值，小于該閾值的結(jié)合位點(diǎn)會被過濾掉，-en指定自由能的閾值，結(jié)果必須小于該閾值才可以。

感謝你能夠認(rèn)真閱讀完這篇文章，希望小編分享的“miRanda和mirSVR工具有什么用”這篇文章對大家有幫助，同時也希望大家多多支持創(chuàng)新互聯(lián)，關(guān)注創(chuàng)新互聯(lián)行業(yè)資訊頻道，更多相關(guān)知識等著你來學(xué)習(xí)!

新聞標(biāo)題：miRanda和mirSVR工具有什么用
新聞來源：http://bm7419.com/article46/pcsieg.html

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