TheCancerImmunomeAtlas數(shù)據(jù)庫有什么用

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腫瘤免疫療法在多種惡性腫瘤的臨床治療上取得了顯著效果，然而還是存在大部分患者對于免疫療法沒有響應(yīng)的問題。為了更好的理解腫瘤和免疫細(xì)胞相互作用，科學(xué)家對來自TCGA和其他幾個(gè)大型腫瘤研究項(xiàng)目，共20種實(shí)體瘤的NGS數(shù)據(jù)進(jìn)行分析，對應(yīng)文章鏈接如下

https://linkinghub.elsevier.com/retrieve/pii/S2211124716317090

為了更好的查看分析結(jié)果，將相關(guān)數(shù)據(jù)整理成了一個(gè)數(shù)據(jù)庫，網(wǎng)址如下

https://tcia.at/

點(diǎn)擊每個(gè)腫瘤對應(yīng)的柱狀圖，可以查看具體的數(shù)據(jù)，以乳腺癌BRCA為例，結(jié)果如下

1. Patients list

列出了每個(gè)腫瘤患者的ID, 性別，年齡等信息，示意如下

點(diǎn)擊患者ID, 可以查看詳細(xì)的臨床信息，示意如下

2. Gene Expression

對于基因的表達(dá)量，提供了以下3種結(jié)果

1. gene expression boxplots

2. gene expression heatmaps

3. survival analysis

結(jié)果示意如下

3. Cell type Fractions

使用qyanTIseq和Cibersort兩款軟件分析腫瘤患者的免疫細(xì)胞組分，結(jié)果示意如下

4. GSEA

分析在某種特定的腫瘤中免疫細(xì)胞是否富集，結(jié)果示意如下

5. Heterogeneity

分析不同腫瘤患者的異質(zhì)性，結(jié)果示意如下

6. Neoantigens

分析腫瘤新抗原，結(jié)果示意如下

該數(shù)據(jù)庫不僅可以查看TCGA中不同腫瘤的分析結(jié)果，其分析內(nèi)容也值得我們借鑒，對于腫瘤樣本的NGS數(shù)據(jù)， 可以進(jìn)行基因表達(dá)與生存分析的關(guān)聯(lián)分析，可以進(jìn)行免疫細(xì)胞浸潤分析，新抗原預(yù)測等分析內(nèi)容。

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新聞標(biāo)題：TheCancerImmunomeAtlas數(shù)據(jù)庫有什么用
文章鏈接：http://bm7419.com/article6/pcedog.html

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