footprintDB數(shù)據(jù)庫(kù)有什么用

小編給大家分享一下footprintDB數(shù)據(jù)庫(kù)有什么用，相信大部分人都還不怎么了解，因此分享這篇文章給大家參考一下，希望大家閱讀完這篇文章后大有收獲，下面讓我們一起去了解一下吧！

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對(duì)于轉(zhuǎn)錄因子而言，相關(guān)的信息有以下幾種

1. transcription factors

2. DNA motifs

3. DNA binding sites

4. target genes

transcription factors表示轉(zhuǎn)錄因子的名稱，對(duì)應(yīng)的基因，家族，序列等基本信息，DNA motifs代表該轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合區(qū)域的保守模式，DNA binding sites代表該轉(zhuǎn)錄因子實(shí)際的結(jié)合區(qū)域，target  genes代表轉(zhuǎn)錄因子調(diào)控的靶基因。

footprintDB是一個(gè)綜合性的轉(zhuǎn)錄因子數(shù)據(jù)庫(kù)，通過整合多個(gè)轉(zhuǎn)錄因子相關(guān)的數(shù)據(jù)庫(kù)，最終構(gòu)建出一個(gè)非冗余的數(shù)據(jù)集，在該數(shù)據(jù)庫(kù)中，存儲(chǔ)了transcription factors, DNA motifs, DNA binding sites3種信息。網(wǎng)址如如下

http://floresta.eead.csic.es/footprintdb/index.php

該數(shù)據(jù)庫(kù)整合了以下19個(gè)數(shù)據(jù)庫(kù)中的信息

1. JASPAR

2. CISBP

3. 3D-footprint

4. HT-SELEX2

5. UniPROBE

6. HOCOMOCO

7. AthalianaCistrome

8. HumanTF

9. HumanTF2

10. AthaMYB

11. FlyZinFinger

12. SMILE-seq

13. ArabidopsisPBM

14. Athamap

15. DBTBS

16. RegulonDB

17. DrosophilaTF

18. humanC2H2ZF-Chip

19. EEADannot

每個(gè)數(shù)據(jù)庫(kù)的版本，轉(zhuǎn)錄因子數(shù)量等統(tǒng)計(jì)信息詳見以下鏈接

http://floresta.eead.csic.es/footprintdb/index.php?databases

數(shù)據(jù)庫(kù)中的全部信息統(tǒng)計(jì)如下

該數(shù)據(jù)提供了檢索功能，可以檢索transcription factors, DNA binding Motifs, DNA binding sites的信息，示意如下

以轉(zhuǎn)錄因子FOXP2_HUMAN為例，結(jié)果如下

1. Transcription Factor

包含了轉(zhuǎn)錄因子對(duì)應(yīng)的基因，物種，蛋白編號(hào)，蛋白序列， 序列, motif， binding sites 等信息。

2. DNA Binding Motif

包含了motif的編號(hào)，對(duì)應(yīng)的物種，一致性序列，sequence logo, PSSM矩陣，binding  sites 等信息。

3. DNA binding Sites

包含了結(jié)合位點(diǎn)的編號(hào)，序列，對(duì)應(yīng)的motif和轉(zhuǎn)錄因子等信息。

除了檢索功能外，該數(shù)據(jù)庫(kù)還提供了motif compare的功能，輸入一個(gè)motif的PSSM矩陣或者binding區(qū)域的序列，可以將該motif與數(shù)據(jù)庫(kù)中已有的motif比對(duì)，確定是否為已知的motif, 示意如下

這個(gè)功能運(yùn)行時(shí)間會(huì)很久，建議提供郵箱，運(yùn)行完畢后會(huì)將結(jié)果發(fā)送到與郵箱里。

通過footprinDB這種整合型的數(shù)據(jù)庫(kù)，可以省去在多個(gè)數(shù)據(jù)庫(kù)之間交叉檢索的煩惱，提高檢索效率，這種類型的數(shù)據(jù)庫(kù)也是一個(gè)流行趨勢(shì)。

以上是“footprintDB數(shù)據(jù)庫(kù)有什么用”這篇文章的所有內(nèi)容，感謝各位的閱讀！相信大家都有了一定的了解，希望分享的內(nèi)容對(duì)大家有所幫助，如果還想學(xué)習(xí)更多知識(shí)，歡迎關(guān)注創(chuàng)新互聯(lián)行業(yè)資訊頻道！

當(dāng)前題目：footprintDB數(shù)據(jù)庫(kù)有什么用
瀏覽路徑：http://bm7419.com/article36/jjedsg.html

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